分析:A、原子是化學變化中最小的粒子;
B、分子、原子、離子都能直接構成物質;
C、分子和原子都是構成物質的微粒,分子和原子之間不好比較大小;
D、不是有的原子的原子核都是由質子、中子構成的.
解答:解:A、原子是化學變化中最小的粒子,故A錯誤;
B、分子、原子、離子都能直接構成物質,故B正確;
C、分子和原子都是構成物質的微粒,分子和原子之間不好比較大小,所以分子的質量不一定比原子質量大,故C錯誤;
D、不是有的原子的原子核都是由質子、中子構成的,例如氫原子中不含有中子,故D錯誤.
故選:B.
點評:本題主要考查了分子、原子、離子的基本特征的知識,會用微粒的特征分析解決問題.